Generelt - Vandkemi
Søerne i Østdanmark og Nordtyskland er i høj grad præget af deres placering i kalkrige moræneområder fra sidste istid. Jordbundens indhold af kalk og ler frigiver blandt andet kalcium og bicarbonat til søvandet. Det sikre en høj og stabil surhedsgrad af vandet (pH 7-8) på trods af nedbørens indhold af forsurende stoffer fra Europas industrier og trafik.
Planteplanktonet i søvandet og undervandsplanterne på søbunden er begrænset i deres vækst af kvælstof og fosfor - de samme næringsstoffer som landbruget i form af gødning tilfører afgrøderne for at forøge udbyttet. Kvælstof og fosfor er nødvendige for at søerne kan have et alsidigt planteliv, men tilføres disse næringsstoffer i for store mængder (kaldet eutrofiering) sker der en opblomstring af planteplanktonet. Det medfører at søvandet bliver grønt og uklart, så lyset ikke kan nå ned til bunden og undervandsplanterne skygges bort.
Langt hovedparten af den mængde kvælstof og fosfor som tilføres søerne stammer fra menneskelige aktiviteter i søernes oplande. Den forbedrede spildevandsrensning i mange byer og industrier har reduceres udledningen af især fosfor og bedre gødningshåndtering i landbruget har ligeledes mindsket tabet af kvælstof fra markerne. Status er dog, at de fleste søer i vores områder stadig overbelastes med næringsstoffer.